A relação entre a ciência e a metafísica para Descartes se dá quanto à sabedoria ou grau de clareza e nitidez de idéias que é possível atingir em cada uma.

Segundo Koyré: “ diz-nos que a ciência tem necessidade de uma metafísica. E até, o que é mais grave, diz nos que ela deve começar por está.” (KOYRÉ, Considerações sobre Descartes, p.76)

“Com certeza apenas as idéias ou os pensamentos dessas coisas se apresentam ao meu espírito. E mesmo agora não contesto que essas idéias estejam em mim. […], por causa do meu hábito de crer nela (por meio das sensações), julgava perceber bastante claramente, embora, na verdade, não a percebesse de modo algum, isto é, que existam coisas fora de mim de onde se originam essas idéias e as quais elas eram semelhantes.” (DESCARTES, Meditações p. 270)

Para Descartes a ciência pode ser comparada a uma árvore; a metafísica é a raiz, a física é o tronco, e os três principais ramos são a mecânica, a medicina, e a moral, estes formando as três aplicações do nosso conhecimento, que são, o mundo externo, o corpo humano, e a conduta da vida. Mas os conhecimentos científicos não bastam a si mesmos: o tronco da física sustenta-se em raízes metafísicas.